Ο Κώδικας Ηθικής και Δεοντολογίας του Ε.Φ.Ε.Τ. εντάσσεται στο πλαίσιο της συνεργασίας του Ενιαίου Φορέα Ελέγχου Τροφίμων και της Εθνικής Αρχής Διαφάνειας για την ενίσχυση της διαφάνειας και της ακεραιότητας.
Έχει σκοπό την εμπέδωση των αρχών της ακεραιότητας και της ορθής επαγγελματικής δεοντολογίας στο περιβάλλον εργασίας και ελέγχου του Ενιαίου Φορέα Ελέγχου Τροφίμων, και αποδεικνύει τη δέσμευση της ηγεσίας και των στελεχών του Φορέα στις αξίες της ηθικής και της διαφάνειας, κατά την ενάσκηση των αρμοδιοτήτων και την υλοποίηση της αποστολής του.